Documentato dal 1213, ma di probabile fondazione longobarda, sorge sulla cima dell'omonimo colle, a 940 metri di quota.
Data la sua posizione elevata, dominante il Ceresio, si suppone che qui sorgesse un punto d'osservazione militare altomedievale, inserito in un'articolata rete di torri e vedette segnaletiche che interessavano l'intera regione del Seprio. Sant'Agata, infatti, è in diretta comunicazione con Sant'Agata di Tremona, la cima del Monte San Giorgio e il San Salvatore, sulla cui sommità si trovavano delle fortificazioni.
[testi: Mendrisiotto Turismo]
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